Fox Mulder tente, dans l'ombre, de mettre un terme aux agissements d'une taupe au sein du service et de trouver d'urgence en remède au cancer qui ronge Scully
La voie de la vérité (Redux: deuxième partie)
Scully se bat contre son cancer tandis que Mulder, ayant retrouvé la puce éléctronique implantée à son insu dans son cou pendant son enlèvement, exige qu'on la lui réimplante.
Les bandits Solitaires (Unusual Suspects)
Mulder, attaché aux affaires criminelles, traque une femme soupçonnée d'être une dangereuse psychopathe, l'histoire raconte la formation des Bandits Solitairs.
Sur le chemin d'un séminaire qui les emmène en Floride, Mulder et Scully sont sollicités par des enquêteurs locaux pour tenter de résoudre d'étranges disparitions dans la forêt.
Prométhée post-moderne (Post-Modern Prometheus)
Dans un village isolé, un monstre sème la terreur. Appelés, Mulder et Scully s'interrogent sur l'existence réelle de cette chose.
En famille pour les fêtes de Noël, Scully reçoit un appel pour qu'elle se rende sur les lieux d'un étrange suicide. Sur place, elle rencontre Emily, une fillette qui pourrait bien être l'enfant de s soeur disparue.
Poursuivant ses investigations, Scully découvre que la petite Emily serait sa propre fille, une enfant conçue à partir de ovaires qui lui furent prélevés lors de son enlèvement.
Robert Modell, effrayant psychopathe qui peut imposer sa volonté à n'importe quel être humain, s'échappe du pénitencier où Mulder l'avait expédié quelques années auparavant.
Maltraité par son beau-père, Bobby Rich devient le principal suspect lorsque celui-ci est retrouvé noyé dans de la boue. Mais le père d'un autre adolescent décède à son tour.
A Amma Beach, tous les habitants sont terrorisés par la petite Polly Turner et sa curieuse poupé prénommée Chinga.
Un ordinateur entreprend de détruire ses créateurs. Face à ce danger virtuel, Mulder craint le pire et se prépare à mener l'un des plus difficiles combats de sa carrière.
Le shérif à les dents longues (Bad Blood)
Dans une petite ville du Texas, Mulder et Scully traquent un jeune homme suspecté d'actes de vampirisme. Mais Ronnie est-il vraiment le coupable, et que dire du curieux shérif Hartwell?
Enlevés jadis par des extra-terrestres, un groupe se réunit pour célébrer le culte. Or, le lendemain, leurs corps sont retrouvés carbonisés. Mulder et Scully se rendent sur place.
Patient X (2) (The Red and The Black)
Au cours d'une autre réunion suivie du même carnage, Scully échappe de peu à une mort affreuse. Sous hypnose, elle demande à revivre les péripéties de ces dramatiques événements.
Compagnons de route (Travellers)
Retour en 1952 où Bill Mulder, le père de Fox, était impliqué dans un infernal puzzle. Puis, en 1990 où Mulder enquêtait déjà sur un mystérieux cadavre vidé de ses organes.
L'oeil de l'esprit (Mind's Eye)
Mulder soupçonne fortement la jolie aveugle Marty Glenn de posséder le don de voyance à travers les yeux d'un tueur qu'il est chargé de traquer.
Le père McCue fait appel au services de Scully afin de l'aider à résoudre le mystère de la mort de Dara Kernof, une jeune fille handicapée qu'il avait prise en estime.
Les nouveaux spartiates (The Pine Bluff Variant)
Mulder, Scully et douze agents du FBI infiltrent un groupe de terrorites utilisant une terrible arme biologique. Mais Scully découvre qu'elle est l'oeuvre du gouvernement américain.
A Oak Brook, Gary Lambert prend Mulder en otage prétendant que son patron Greg Pincus est en réalité un monstre qui se nourrit du flux vital de ses employés.
Mulder et Scully suspectent le jeune russe Gibson Praise de posséder d'hallucinants pouvoirs psychiques, clef de tous les phénomènes paranormaux qui les occupaient jusqu'alors