Tunguska (1)
Tandis que la mère de Mulder s'éteint, Jeremiah Smith l'emmène dans des plantations où travaillent des enfants muets. Mulder est abasourdi de découvrir que toutes les filles sont des clones de sa soeur disparue, Samantha. Pendant ce temps, les recherches de Scully permettent d'entrevoir un plan concernant l'utilisation des cicatrices de variole pour cataloguer secrètement tous les êtres humains inoculés. Monsieur X est assassiné mais laisse un message cryptique pour Mulder dans son prpre sang, ce qui mène Mulder vers une nouvelle source d'information"de l'intérieur.
Un kidnapping accompagné d'un meurtre à Traverse City, Michigan, met Mulder et Scully sur la piste d'un assassin tordu qui enlève de jeunes femmes et leur effectue des lobotomies transorbitales avant de les libérer. Une série de photographes dépeignant les femmes juste avant leur agression semble être des exemples de "photographes psychiques.
En enquêtant sur la mort d'un enfant hideusement déformé, retrouvé dans une tombe de la petite communauté rurale de Home, Pennsylvanie, Mulder et Scully découvrent une familles dont les hommes sont affigés de multiples défauts congénitaux. Les unions consanguins ont déformé leurs corps en quelque chos se situant entre l'homme et l'animal. (Cet épisode fait apparaître un shérif local appelé Andy Taylor avec son adjoint nommé Barney).
Des Afro-Américains disparaissent. Leurs corps, une fois retrouvés, ont été totalement drainés de leur pigment. Au début, Scully suspecte une nouvelle maladie. Mais l'enquête mène vers un immigrant Africain, dépourvu d'hypophyse et qui a besoin de victimes pour se recharger en hormones.
Le pré où je suis mort (The Field Where I Died)
Mulder et Scully enquêtent sur d'éventuels abus d'enfants dans le Temple des Sept Etoiles, un culte religieux du Tennessee. Les agents interrogent l'une des femmes du dirigeant de ce culte polygame, Melissa Riedel, qui semble souffrir d'un désordre de la personnalité. Sous l'hypnose, elle révèle plusieurs existences antérieurs- y compris une vie en tant qu'infirmière du Sud, dans laquelle elle aurait connu Mulder en 1863 en tant que Sullivan Biddle, un soldat confédéré.
Des chirurgiens esthétiques de l'Hôpital de Green Wood Memorial se mettent soudain à assassiner leurs patients en se servant de leurs outils habituels. Mulder et Scully découvrent des preuves peu ragoûtantes de sacrifice par le sang et la pratique de la magie noire.
L'Homme à la cigarette (Musings of a cigarette Smoking Man)
Un des bandits solitaires, Frohike, affirme avoir découvert l'histoire de l'Homme à la Cigarette, lequel écoute la conversation à partir d'un appareil d'écoute sophistiqué. La vie de cet homme semble croiser la plupart des théories de conspirations des 40 dernières années.
Coeurs de tissu (Paper Hearts)
Un rêve perturbant mène Mulder vers le site où est enterrée une jeune fille assassinée par un tueur en série, John Lee Roche, qui découpe des coeurs dans les vêtements de ses victimes. Le meurtrier, déjà emprisonné après avoir confessé treize autres assassinats, affirme également avoir enlevéSamantha Mulder.
Mulder et Scully interceptent un courrier diplomatique censé importer un morceau de météorite contenant une forme de vie alien mortelle- un organisme unicellulaire qui attaque et colonise le corps- aux Etats-Unis. Une enquête plus poussée semble indiquer une vaste conspiration internationale. Mulder se rend dans un goulag, russe à Tungunska en Sibérie, où des expériences inavouables sont conduites.
Emprisonné dans le goulag de Tunguska, Mulder est exposé à une bio-toxine alien, dans le cadre d'une expérience Russe destinée à trouver un remède au "cancer noir". Pendant ce temps, à Washington D.C., Scully en apprend davantange au sujet de l'organisme alien et doit faire face à l'enquête hostile d'un sous-comitédu Sénat. Les agents apprennent que la Guerre Froide n'est pas terminée.
Une ouvrière agricole de 19 ans est tuée dans la San Joaquin Valley de Californie par une étrange plus jaune. Mulder et Scully découvrent un autre travailleur nomade qui semble porter une enzyme inconnue, peut-être d'origine extra-terrestre, qui stimule une croissance accélérée de champignons.
Les menbres d'un gang antisémite meurent de façon mystérieuse. Pour découvrir la vérité, Mulder et Scully doivent explorer les secrets les plus profonds de la mythologie Juive.
Pendant les vacances forcées de Mulder parti en pèlerinage à Graceland sur les traces du King, Scully, en pleine introspection sur le sens de la vie et particulièrement de la sienne, fait la connaissance chez un tatoueur d'un homme divorcé dont elle n'est pas insensible au charme.
Le cadavre d'un homme décapité dans un accident de voiture disparaît d'une morgue d'hôpital. Mulder et Scully découvrent que l'homme, Léonard Betts, est capable de régénérer rapidement ses cellules afin de refaire pousser les parties du corps manquantes- y compris la tête. Pour ce faire, il doit cependant se nourir de cellules cancéreuse. Betts ira jusqu'à attaquer Scully pour tenter de parvenir à ses fins.
Journal de mort (Memento Mori)
Scully apprend qu'elle est atteinte d'un cancer- le même type de tumeur du nez et de la gorge, qui a tué d'autres femmes enlevées par des Ovnis. Tandis qu'elle entreprend un traitement radical, Mulder travaille avec les Bandits Solitaires pour découvrir les rouages de la conspiration qui est à l'oeuvre d'une telle maladie.
L'Homme invisible (Unrequited)
Le meurtre d'un général de Marine amène Mulder et Scully à enquêter au Fort Evanston dans le Maryland. Ils découvrent des liens avec un groupe paramilitaire, La Main Droite, qui affirme avoir libéré un prisonnier de guerre, abandonné au Vietnam par ses supérieurs. Le prisonnier, un ancien membre du corps d'élite des Bérets Verts, est retrouvé aux Etats-Unis pour chercher à se venger. Il a évité toute détection en utilisant un talent particulier pour manipuler la vue des autres.
Tempus Fugit (1) (Tempus Fugit)
Le vol 549, un avion de ligne transportant 134 passager, s'est écrasé dans les bois près d'Albany, dans l'Etat de New York. Tous les passagers sont morts, y compris Max Fenig, un homme autrefois enlevé par des extra-terrestres. Mulder soupçonne une conspiration pour tuer Fenig, qui affirmait transporter un paquet prouvant l'existence d'une vie extra-terrestre. Il soupçonne égalementune tentative d'étouffement de l'affaire, qui semble confirmée par un contrôleur du trafic aérien témoin de l'incident.
Alors que Mulder recherche les preuves d'une implication gouvernementale dans le crash du vol 549, il découvre un autre site de crash près du Lac Great Sacandaga. Sa découverte déclenche une campagne massive de désinformation-et la mort de plusieurs amis et collègues.
Aux frontières du jamais (Synchrony)
Le voyage dans le temps pourrait bien être la clé permettant de résoudre plusieurs meurtres déconcertants sur le campus du Massachusetts Institute of Technology.
La queue du diable (Small Potatoes)
Mulder et Scully enquêtent au sujet de plusieurs naissances bizzarres dans une petite ville du Sud.
Skinner passe un accord avec l'Homme à la Cigarette pour empêcher que Scully ne meurt d'un cancer.
Plusieurs jeunes filles en âge d'entrer au collège ont été assassinées dans un même pâté de maison de Washington D.C. Le premier suspect est un homme handicapé, Harol Spüller, qui a été assailli par des apparitions effrayantes.
Après avoir expérimenté une série d'évanouissements et de crises, Mulder croit qu'il peut obtenir de nouvelles informations sur l'enlèvement de Samantha. Cependant, en suivant son voyage intérieur, il se pourrait qu'il ait inconsciemment tué deux personnes.
Le baiser de Judas (Gethsemene)
Lorsqu'un antropologue légal affirme avoir découvert le corps d'une entité biologique extra-terrestre vieux de 200 ans, cryogénisé dans la glace du Territoire Yukon, Mulder et Scully étudient l'affaire. Ce qu'ils découvrent est choquant: il semblerait que leur travail dans les X-Files ne soit qu'une partie d'un statagème global visant à promouvoir de fausses croyances dans la vie extra-terrstre, afin d'écarter l'attention du public des pratiques douteuses des militaires américains.