Monstres d'utilité publique (1)
L'Homme à la cigarette cherche à récupérer une bande numérique qui prouve l'existence d'un contact extra-terrestre. L'Agent Scully se voit suspendue de son travail et découvre qu'elle a un implant métallique dans le cou. Entre temps, Mulder, qui était presque mort, est ramené à la vie au cours d'une cérémonie Navajo.
Opération Presse-Papiers (Paper Clip)
Les agents apprennent qu'on a cherché à les tuer lorsque la soeur de Scully, Melissa, est assassinée par erreur par des meurtriers à la recherche de Scully. Les deux agents se terrent afin de rechercher les preuves d'expérimentations aliens par des criminels de guerre nazis, qui ont été autorisés à fuir l'Amérique après la seconde guerre mondiale- une opération d'échange appelée Presse-Papiers. Entre temps, Skinner tente de conclure une transaction avec l'homme à la cigarette afin de préserver la vie de ses agents.
Mulder et Scully se rendent à Connerville, Oklahoma, pour enquêter sur une série de meurtres attribués à la foudre. Sur place, ils trouvent un adolescent qui semble capable d'engendrer de l'électricité et de contrôler la foudre.
Voyance par procuration (Clyde Bruckman's Final Repose)
Mulder et Scully collaborent à une enquête relative à une série de meurtres brutaux de voyants à Saint Paul dans le Minnesota. En recherchant le tueur, ils rencontrent un agent d'assurances, Clyde Bruckman, qui peut prédire comment les gens vont mourir.
Avant un autre condamné à mort, Napoléon"Neech" Manley est exécuté en Floride et jure de revenir du royaume des morts et de tuer cinq personnes afin de se venger. Mulder et Scully sont appelés à l'aide après l'apparente mise en oeuvre des promesses du disparu.
Mulder et Scully suivent la trace d'un tueur en série qui rencontre des femmes atteintes de surpoids sur des forums de conversation d'Internet, les tue et se nourrit de la graisse de leur corps en sécrétant un acide visqueux hydrochlorique sur les victimes.
Mulder et Scully font la connaissance d'un vétéran de la Guerre du Golfe amputé des quatre membres. Cet homme est capable de provoquer des projections astrales dans lesquelles il terrorise ses anciens supérieurs et leurs familles à Fort Evanston, Maryland.
Souvenir d'oubliette (Oubliette)
Une femme est capable de ressentir le kidnapping d'une fille de 15 ans- elle a elle-même été enlevée par le même homme quelques années plus tôt. Mulder et Scully utilisent les pouvoirs de cette femme pour retrouver le kidnappeur.
Monstres d'utilité publique (1) (Nisei)
La vidéo d'une autopsie alien place Mulder et Scully sur la piste d'une conspiration impliquant un corps médical d'élite Japonais(l'unité 731) connue pour ses expérimentations sur des sujets humains durant la Deuxième Guerre Mondiale.
Monstres d'utilité publique (2) (731)
Mulder pense qu'une équipe médicale japonaise a développé un hybride humain-alien à l'intérieur d'un réseau gouvernemental secret d'autorails. En suivant une telle théorie, il se fait piéger à l'intérieur d'un train avec un assassin de la NSA. Pendant ce temps, Scully reçoit des informations fort perturbantes consernant l'implant q'elle porte deans le cou: il s'agit d'un appareil sophistiqué qui permet d'enregistrer certaines fonctions du cerveau.
Un meurtrier illusoire assassine onze personnes portant des stigmates(des blessures similaires à celles du Christ). Mulder et Scully cherchent à protéger un petit garçon le Loveland, Ohio, qui manifeste les même marques. La mission amène Scully à remettre en question sa propre foi.
La guerre des coprophages (War of the Coprophages)
A Miller's Grove, Massachusetts, des morts apparemment causées par une épidémie de cafards mutants déclenchent une panique généralisée. L'enquête de Mulder et Scully les mène vers une grande usine de recyclage... et la possibilité que les cafards soient explorateurs mécaniques extra-terrestres.
Le 12 janvier 1996, un alignement des planètes particulièrement rare provoque un comportement bizzard chez les habitants de Comity dans le New Hampshire. Deux lycéennes nées le même jour semblent guidées par une même fièvre vers des actes violents et inexplicables.
Le visage de l'horreur (Grotesque)
Un meurtrier en série affirme qu'un esprit malveillant serait responsable des crimes qu'in commet. Après son arrestation, les meurtres continuent. Mulder et Scully doivent travailler avec un savant reconnu du comportement au FBI, mais l'enquête n'avance pas.
Un bateau de sauvetage français, le Piper Maru, découvre l'épave d'un P- 51 Mustang, un avion de combat de la Deuxième Guerre Mondiale. L'exploration de l'épave par l'équipage libère une entité alien puissante, au corps huileux, capable de s'introduire dans des hôtes humains et d'émettre de l'énergie radioactive mortellement dangereuse. L'épisode culmine avec une tentative d'assasinat sur l'Adjoint Directeur Skinner.
Mulder poursuit le traître Krycek(qui est possédé par un alien) et cherche à résoudre le mystère de l'épave enfouie de la Deuxième Guerre Mondiale. Les échantillons d'ADN relevés lors de la tentative d'assassinat de Skinner permettent de relier l'assassin, Luis Cardinal, au meurtre de la soeur de Scully. Mulder apprend que l'alien utilise de l'huile diesel ordinaire comme support pour sauter de corps en corps.
Mulder et Scully enquêtent sur tireur à gages qui effectue ses meurtres en utilisant des pouvoirs psychokinétiques- il incite ainsi les gens à commettre le suicide. Connu comme "Pusher", ce suspect engage avec Mulder un combat mortel à coup de suggestions psychiques.
Des restes de squelette, provenant du site archéologique équatorial de Teso Dos Bichos, ont dispau d'un musée de Boston. Il en résulte une série de morts qui pourraient être reliées à un esprit chaman félin.
Neuf immigrants chinois dont les corps exhibaient des signes de subtilisation d'organes divers ont été incinérés. En s'intéressant à cette affaire, Mulder et Scully tombent sur une loterie macabre dont les conséquences peuvent être fatales.
Le seigneur du magma (Jose Chung's "From Outer Space")
Un auteur de science-fiction interroge Scully sur les rumeurs d'enlèvement par Ovni de deux adolescents de Klass Country, Washington, qui semblent prêter à toute sortes d'interprétation. Scully rejette les thèses extravagantes et s'en tient à une simple affaire de viol jusqu'à ce que deux pilotes de l'Air Force meurent dans des circonstances mystérieuses.
Skinner se réveille dans une chambre d'hôtel avec une femme décédée dont le cou a été violemment tordu. Est-il victime d'un coup monté? Mulder et Scully apprennent que Skinner a suivi un traitement pour les troubles du sommeil suite à une "terreur nocturne" récurrente dans laquelle le spectre d'une vieille femme essayait de le faire suffoquer.
Mulder et Scully enquêtent sur une série de meurtres horribles autour du Lac Heuvelmans en Géorgie. Ils pourraient être dus à un monstre lacustre, connu localement sous le nom de Big Blue.
Un informateur alerte Mulder et Scully d'une conspiration gouvernementale impliquant le contrôle subliminal des esprits par des signaux à la télévision, qui déclencheraient une peur profonde chez les sujets exposés. Lorsque l'expérience aboutit à une série de meurtres dans une petite ville de Maryland, las agents mènent l'enquête. Scully elle-même est affligée par les signaux.
Deux événements- la guérison miraculeuse de deux victimes d'une fusillade dans un fast-food de Virginie, et une crise soudaine que subit la mère de Mulder- envoient Mulder et Scully à la recherche d'un homme mystérieux, Jeremiah Smith, doté du pouvoir de guérir. Mais l'existence de Smith est liée à une conspiration impliquant la colonisation alien de la Terre et il se retrouve la cible du chasseur de primes alien déjà aperçu dans "La Colonie".