Le service des affaires non classées a été fermé. Mulder apprend de la part du Sénateur Matheson qu'un récepteur radio de l'observatoire Arecibo de Puerto Rico a intercepté un signal micro-ondes venant de l'espace. Lorsque Mulder effectue secrètement le voyage pour se rendre sur le site où aurait eu lieu le contact extra-terrestre, Scully tente de suivre sa piste.
L'autopsie effectuée par Scully d'une victime assassinée dans les égouts du New Jersey révèle la présence d'un ver parasite blanc qui se nourrit de la cavité abdominale du cadavre. En enquêtant plus profondément sur ce meurtre, Mulder découvre une mutation génétique hideuse qui serait issue de l'explosion de Tchernobyl.
Un nombre extraordinaires d'homicides intervenus en Pennsylvanie amène Mulder a enquêter sur place. Il découvre qu'un certain nombre de résidents de Franklin, une petite communauté rurale, ont soudainement eu des crises de violence, apparemment déclenchées par les affichages numériques de certains appareils éléctroniques- pagers, fax, téléphones cellulaires- les incident à tuer.
Mulder et son nouveau partenaire, Alex Krycek? enquêtent sur un programme secret de suppression du sommeil mené au Vietnam par les Marines, et qui a des effets hallucinants sur les participants qui ont survécu. Alors qu'ils sont sur le point de découvrir des preuves relatives à ce programme, Mulder et Scully se retrouvent opposés à une manoeuvre concertée de dissimulation de la part du gouvernement.
Mulder est appelé à l'aide pour négocier une situation de prise d'otage impliquant un homme, Duane Barry, qui prétend avoir été enlevé par un Ovni et avoir fait l'objet d'expérimentations aliens. Barry est finalement capturé, mais il s'échappe et kidnappe l'Agent Scully.
Mulder retrouve la trace de Duane Barry à Skyland Mountain, Virginie, en recherchant désespérément Scully. Au cours de la poursuite, l'Agent Krycek tente de miner les efforts de Mulder. Mulder retrouve Barry; mais Scully a disparu; Barry affirme qu'"ils" l'ont prise. Krycek, qui travaille en fait secrètement pour l'Homme à la cigarette, disparaît à son tour. Le directeur adjoint Skinner rouvre le service des affaires non classées.
Mulder s'intéresse à une série de meurtres impliquant des vampires à Hollywood, lesquels meurtres sont identiques à ceux commis contre six autres victimes à Memphis et à Portland. Pendant l'enquête, Mulder découvre un trio qui s'adonne à ce qu'ils appellent les "sports du sang"- boire le sang. Mulder est attiré par l'une des femmes, qui affirme vouloir quitter son groupe.
Scully réapparaît soudainement, vivante mais dans un état comateux, au Centre Médical de Northeast Georgetown. Mulder apprend qu'elle semble avoir été victime d'expériences d'ingénierie génétique et il se bat pour sauver sa vie. Ses efforts l'entraînent vers une confrontation directe avec l'Homme à la cigarette.
Mulder enquêtent sur la mort d'un savant du projet Firewalker de Caltech, qui étudie le Mont Avalon, un volcan actif de Washington. Tandis qu'il enquête sur l'incident à partir d'un site éloigné du projet, l'agent tombe sur une spore parasite à base de silicone.
Plusieurs adolescents ont disparu de Delta Glen, dans le Wisconsin puis sont réapparus avec la mention"He/She is one" écrite sur leur dos. Mulder enquêtent sur l'éventualité d'une possession démoniaque et l'implication d'un groupe religieux, le Musée Rouge. Les agents découvrent des expérimentations secrètes, avec inoculation d'une substance alien. Ils retrouvent l'assassin de Gorge Profonde, connu sous le nom de l'Homme à la brosse.
Une infirmière de Excelsis Dei, un foyer pour convalescents du Massachusetts, prétend avoir été violée et battue par un vieil homme sénile, ayant pris la forme d'une entité invisible. Lorsque l'homme en question est étouffé par une force invisible, Mulder soupçonne le foyer d'être un centre d'activités paranormales.
Mulder et Scully enquêtent sur une série d'assassinats survenus à Aubrey dans le Missouri, qui semblent reproduire les actes d'un tueur en série qui opérait dans la même ville en 1942, plus de 50 ans plus tôt, en gravant toujours au rasoir un message étrange sur le corps de ses victimes: "sister". Une enquête plus poussée révèle la possibilité inquiétante que la mémoire et la personnalité du tueur originel aient été transférées génétiquement vers un nouveau tueur.
Une nécro-fétichiste psychotique, Donnie Pfaster, travaille dans l'industrie funéraire en vue de recueillir des "trophées" de cheveux et d'ongles des cadavres féminins. Il en vient bientôt à la profanation de sépultures et finalement à tuer les personnes susceptibles d'agrandir sa collection. Il va jusqu'à enlever l'Agent Scully.
La main de l'enfer (Die Hand die Verletz)
Mulder et Scully se rendent dans la petite ville de Milford-Haven, dans le New Hampshire, pour enquêter sur l'assassinat macabre et rituel d'un jeune adolescent. Les agents découvrent l'existence d'un culte satanique, pratiqué dans la région depuis plus de trois cents ans, et d'une femme mystérieuse aux étranges pouvoirs.
Mulder et Scully enquêtent sur les "suicides" mystérieux de deux Marines, au Centre de Traitement de Folkestone, en Caroline du Nord, où plus de 12000 Haïtiens avaient été détenus dans un camp de réfugiés. Les agents se retrouvent pris dans une guerre secrète entre commandant de camp brutal, le colonel Jacob Warton, et un prêtre vaudou Haïtien.
Mulder et Scully enquêtent sur la mort, dans des incendies criminels, de trois médecins de cliniques qui pratiquaient l'avortement. Lorsque Mulder découvre que ces trois médecins étaient de parfaits sosies, leurs enquêtes s'orientent autour d'un chasseur de primes extra-terrestre qui a la capacité de changer d'aspect. Ce chasseur de primes élimine systématiquement les membres clonés d'une colonie alien hybrides établie aux Etats-Unis durant les années 40. Au cours de sa recherche, l'assassin enlève Scully
Le chasseur de primes alien propose d'échanger Scully contre la soeur de Mulder, Samantha, qui est revenue 22 ans après son enlèvement. La transaction tourne mal et Mulder apprend que sa soeur n'est pas la sienne. Ses recherches aboutissent à une dramatique confrontation avec l'assassin, dans l'Arctique.
Parole de singe (Fearful Symmetry)
Mulder et Scully découvrent des preuves d'enlèvement d'animaux au Zoo Fairfield de l'Idaho, près de la base aérienne de Mountain Home, un endroit réputé pour ses apparitions d'Ovnis. Les animaux seraient-ils enlevés par un groupe radical de défense animale? Ou bien sont-ile la cible d'expériences aliens? Mulder obtient ses réponses d'une source inhabituelle: Sophie, une gorille qui peut communiquer par l'intermédiaire du langage des signes américain.
Le vaisseau fantôme (Dod Kalm)
Un agent corrosif mystérieux provoque le vieillissement rapide et la mort de l'équipage d'un destroyer, le USS Ardent. Lors de leur enquête, Mulder et Scully découvrent que la corrosion a également affecté la coque du bateau et ils en sont eux-mêmes victimes.
Mulder et Scully enquêtent sur la dernière victime d'une série d'homicides s'étendant sur 28 ans. L'assassinat s'est produit dans une ville de Floride, qui abrite de nombreux artistes de cirque, à la fois en retraite, et toujours en activité.
La mort étrange d'un garçonnet de deux ans dans un parc d'attractions de Virginie mène Mulder et Scully vers le frère du garçon, qui paraît habité par une présence maléfique. L'enquête les conduit auprès d'une famille roumaine, les Calusaris qui veillent au respect de certains rites sacrés.
Une plaie mortelle tue dix prisonniers de l'établissement de Cumberland. Scully est appelée dans la zone de quarantaine tendis que Mulder suit la trace de deux évadés qui pourraient également avoir été infectés. L'agent apporte la preuve d'un projet secret biomédical qui a dérape: un parasite tueur découvert par un chercheur entomologiste dans la forêt tropicale du Costa Rica et transporté par l'insecte Emasculata a infecté les prisonniers.
Mulder et Scully enquêtent sur une série de disparitions en Virginie, dans lesquelles la seule trace laissée par les corps des victimes, volatilisées, est une légère marque de brûlure sur le sol. L'investigation les mène vers une entreprise de recherche, Polarity Magnetics, dans laquelle un accident au cours d'une expérience d'astrophysique des particules a transformé l'ombre d'un savant en trou noir, réduisant toute la matière en énergie pure.
Une petite ville tranquille (Our Town)
Lorsqu'un inspecteur fédéral est chargé des élevages de volaille disparaît dans l'Arkansas, Mulder et Scully découvrent des meurtres et d'autres secrets étranges reliés à l'usine locales de traitements des poulets
Un associé des Bandits Solitaires s'introduit dans l'ordinateur du Ministère de la Défense et récupère des documents fournissant la preuve de l'existence des Ovnis. Peu après avoir donné une bande numérique(codée en Navajo) comportant la preuve, à l'Agent Mulder, l'homme est tué. Bientôt, Mulder découvre que sa propre vie est en danger, de même que la vie de ses proches.