Dans ce premier épisode, nous faisons la connaissance des agents spéciaux Dana Scully , médecin spécialiséz zn physique, et Fox (" Le Martien ") Mulder, fils doué mais à qui on ne fait plus guère confiance, bien qu'il soit connu pour son habileté à découvrir les profils psychologiques de tueurs en série. Leur première affaire met : en scène une jeune fille, retrouvée morte dans les bois, sans que la cause de son décès puisse être établie, à l'exception de deux marques à peine perceptibles sur le dos ; une classe de lycée où l'on semble beaucoup mourir de cette façon ; et la victime d'un coma qui paraît être au centre de toute l'affaire.
Scully et Mulder enquêtent sur la disparition d'un pilote d'essai, bien qu'un mystèrieux personnage surnommé "Gorge Profonde" tente de les en dissuader et de les mettre en garde. En cours de route, ils découvrent que la base aérienne d'Ellen semble abriter un personnel assez particulier. Brûlant d'envie de savoir, Mulder s'y introduit clandestinement et découvre la chose de ses propres yeux. mais Mulder est arrêté, on efface ses souvenirs et Scully doit négocier pour obtenir sa libération.
La réputation professionnelle de Scully, comme la confiance qu'elle porte à Mulder, est mise à rude épreuve dans cet épisode. Un ancien camarade de promotion, Tom Colton, demande à la jeune femme d el'aider à résoudre une affaire bizarre. Un homme a été tué dans un bureau fermé à clé, situé dans un bâtiment protégé, et on lui a arraché le foie, apparement à mains nues... S'appuyant sur des dossiers remontant aux années 30 et 60, Mulder élabore une théorie selon laquelle le tueur est un mutant génétique centenaire qui doit s'emparer de cinq foies humains de pouvoir reprendre son hibernation cyclique de trente années.
Une adolescente, Ruby, est kidnappé dans un camping près du Lac Okobogee dans l'Iowa.L'enlèvement semble être le travail de forces extra-terrestres.Mulder voit resurgir les sentiments qu'il a éprouvés lorsque sa propre soeur, Samantha, a disparu dans des conditions similaires, alors qu'il avait douze ans. Les agents découvrent que Kévin, le frère de Ruby, capte des transmissions étranges sur le téléviseur familial.
Le Diable du New Jersey (The Jersey Devil)
Scully et Mulder enquêtent sur la découverte d'un corps mutilé qui semble être l'ouvrage d'un homme-bête qui, selon les croyances locales, vivrait dans les bois du New Jersey. Connue comme le Diable du New Jersey, cette créature aurait terrorisé le sud de cet état pendant deux siècles.
La CIA requiert l'assistance des agents Mulder et Scully pour l'examen des meurtres étranges de deux membres d'un groupe extrémiste; les victimes ont eu la gorge écrasée, mais aucun signe de choc extérieur n'est visible. L'enquête révèle que les attaques auraient été perpétrées par une force invisible protégeant une jeune femme.
Un fantôme dans l'ordinateur (Ghost in the machin)
Un ordinateur central appelé COS et doté d'un"réseau captif"se met à tuer afin de préserver sa propre existence.L'agent Mulder obtient du concepteur de l'intelligence artificielle de l'ordinateur qu'il crée un virus désactivant cette fonction, et tente d'éteindre ce COS.
Les chercheurs travaillant sur un projet de recherches à Icy Cap(Alaska) sont éliminés par une entité sortie de la glace arctique après que l'équipe ait effectuée un forage. Mulder, Scully et quatre collègues enquêtent sur ces disparitions.
Une force inconnue a pris"possession" de l'esprit d'un haut fonctionnaire de la NASA et se sert de lui pour saboter le programme de la navette spatiale américaine. Scully et Mulder doivent contrer cette mystérieuse entité avant le prochain lancement de la navette spatiale
Alors qu'il enquête sur l'impact d' un météore à Townsend(Wisconsin), l'agent Mulder découvre un site où auraient atterri en catastrophe des Ovnis. Alors qu'il est détenu par les autorités, Mulder fait la connaissance de Max Fenig, un autre détenu capturé près du site. L'agent réalise que Fenig a déjà fait l'objet d'un enlèvement extra-terrestre.
Deux meurtres identiques(dans lesquels les victimes ont été vidées de leur sang)se produisent simultanément à Greenwich(Connecticut)et Marin County(Californie). Chaque meurtre a été commis sur une jeune fille qui semble être la jumelle de l'autre. Il apparaît qu'elles auraient été conçues dans le cadre d'un projet gouvernemental qui aurait dérapé.
Mulder et Scully enquêtent sur les méfaits d'un pyromane qui semble immoler ses victimes sans laisser le moindre indice sur les lieux des crimes. Ils découvrent un homme qui peut tuer par la pyrokinésie enflammant des objets à distance.
Les agents Mulder et Scully sollicitent l'aide de Luther Lee Bogs, un tueur en série condamné à mort, qui prétend connaître par ses pouvoirs psychiques le lieu de détention de deux étudiants kidnappés à Releigh, en Caroline du nord
Masculin féminin (GrenderBender)
Alors qu'ils enquêtent sur une série de meurtres bizzards le long de la côte Est, les agents Scully et Mulder s'intéressent à un groupe religieux isolationniste, les Kindred(qui se distinguent par de fortes valeurs chrétiennes et la pratique de l'abstinence). Les meurtres semblent avoir été commis par un même individu qui tue à la fois en tant qu'homme et en tant que femme.
Scully et l'agent du FBI, Jack Willis, déjouent un hold-up à la banque du Maryland(Baltimore). Le voleur blesse gravement l'agent Willis avant d'être abattu par Scully. Dans la sale des urgences, le malfrat meurt, et Willis survit miraculeusement. Par la suite, Willis adopte la personnalité du piller de banque, ce que Mulder perçoit comme un"transfert psychique.
Vengeance d'outre tombe (Young at Heart)
Un meurtrier, John Barnett, supposé être mort en prison, refait surface à l'occasion d'une vague de vols et homicides à Washington, D.C L'un des éléments troublants est une série de notes ironiques relatives à Fox Mulder, l'agent du FBI qui avait arrêter Barnett d'un hold-up contre une voiture blindée.
Entité biologique extra-terrestre (E.B.E.)
Au cours d'une enquête sur un incident énigmatique survenu dans le Tennessee, Scully et Mulder découvrent la preuve d'une opération menée par le gouvernement en vue de transporter les restes d'un Ovni Avec son occupant abattu en Irak. Cet épisode amène Mulder à entrer en contact avec le trio d'informateurs connus sous le nom des Bandits solitaires(Lone Gunman).
L'église des miracles (Miracle Man)
Les agents Mulder et Scully mènent une enquête sur Samuel Hartley, un jeune guérisseur religieux, qui semble utiliser ses pouvoirs aussi bien pour guérir que pour tuer les membres de sa congrégation.
Mulder et Scully se rendent dans une réserve indienne du Montana afin d'enquêter sur une série de meurtres horribles qui ont démarrés e 1946 et qui semblent être causés par un Manitou, un esprit malveillant capable de changer les êtres humains en animaux.
Quand vient la nuit (Darkness Falls)
Le signalements de bûcherons disparus mène Mulder et Scully jusqu'à une forêt au nord-ouest du Pacifique, dans laquelle l'abattage d'un arbre cinq fois centenaire a libéré une épidémie d'insectes semblables à des mites, qui se nourrissent des enzymes de créatures vivantes.
Mulder suit la trace d'Eugène Victor Tooms, le tueur en série de l'épisode "Compressions" qui arrache le coeur de ses victimes pour les manger, alors que ce mutant a été libéré sur parole et placé dans un centre de réadaptation.
L'esprit d'une petite fille semble habité d'un policier assassiné, qui l'utilise pour accomplir sa vengeance sur ses meurtriers
Mulder et Scully enquêtent sur les meurtres de plusieurs savants en aéronautique au Mahan Propulsion Lab de Colson, Washington. Les deux morts semblent liées à un concierge mentalement handicapé appelé Roland Fuller. Les agents découvrent que Fuller pourrait être contrôlé par la tête de l'un des professeurs, maintenue dans un état de cryogénisation.
Les hybrides (The Erlenmeyer Flask)
Sous la supervision de Gorge Profonde, l'informateur secret, Mulder et Scully enquêtent sur l'apparition et la disparition d'un homme au sang vert doté de pouvoirs supérieurs, capable de respirer sous l'eau. Les agents apprennent que des agences secrètes du gouvernement ont testés de l'ADN extra-terrestre sur des humains. Et comme les résultats ont été plutôt inattendus, elles cherchent à faire disparaître toute trace de telles expériences.